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Identificación y análisis de los genes asociados al metabolismo de polihidroxialcanoatos en Pseudomonas extremaustralis

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Autores/as: Mariela Verónica Catone ; Nancy I. López

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2013 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ciencias biológicas  

Los polihidroxialcanoatos (PHA) son polímeros de reserva bacterianos que poseen propiedades termoplásticas y son biodegradables. P. extremaustralis acumula polihidroxibutirato (PHB), formado por monómeros de longitud de cadena corta. Esta es una característica poco común en bacterias del género Pseudomonas, que normalmente acumulan PHA de longitud de cadena media (PHAmcl). Trabajos previos demostraron que los genes PHB se encuentran en una isla genómica. El objetivo de este trabajo consistió en la búsqueda y análisis de genes relacionados con la producción de distintos tipos de PHA en P. extremaustralis. También se realizaron análisis bioinformáticos del genoma de esta bacteria para identificar los genes involucrados en vías metabólicas centrales y los relacionados con la producción de alginato, de interés para comprender el metabolismo de compuestos carbonados que podrían estar relacionados con la producción de PHA. Se identificaron los genes de producción de PHAmcl, phaC1ZC2D y phaFI, además de los genes, phbFPX, asociados a la síntesis de PHB. Los análisis filogenéticos realizados permitieron inferir que estos genes poseen diverso origen. En base a estudios de complementación, de expresión génica y de proteómica de los gránulos del polímero se determinó la funcionalidad de las polimerasas de PHAmcl (PhaC1 y PhaC2) y se comprobó que la diferencia en la expresión de las 3 polimerasas, encontradas en el genoma de esta bacteria, podía explicar la alta producción de PHB en comparación con otros PHA. Los resultados en conjunto ponen de manifiesto la importante capacidad de adaptación al metabolismo de esta bacteria de genes probablemente adquiridos por transferencia horizontal, como los genes PHB. La capacidad de producción de PHA con distintas propiedades en P. extremaustralis resulta de interés biotecnológico dado que a través de manipulaciones genéticas sería posible lograr la producción de diferentes bioplásticos, utilizando la misma bacteria.

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Identificación y análisis funcional de los factores que regulan la transcripción del gen de fibronectina humana

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Autores/as: Claudio Roberto Alonso ; Alberto Rodolfo Kornblihtt

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 1998 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto
El presente trabajo de tesis esta centrado en el estudio de la region promotora del gen de la fibronectina humana (FN). En primer lugar se han definido los roles funcionales in vitro e in vivo de los elementos FN-CRE y FN-CCAAT. Ambos enfoques coincidieron en definir a los factores CRE y CCAAT como moduladores positivos de la actividad transcripcional del gen FN. Mediante experimentos de inmuno-precipitacion y retardo en gel se identificaron las proteinas NF-I y CPI como los factores hepaticos que se unen al elemento FN-CCAAT. Posteriormente a traves de la implementacion de una nueva metodología que combina la inmunoprecipitación con el entrecruzamiento covalente por luz U.V. se detectó la interacciín física entre la proteína de union a CRE, ATF-2 y los factores CCAAT, CPI y NF-I. Debido a la importancia fisiológica de los cambios cuali y cuantitativos en la expresion de la fibronectina vinculados a procesos de fibrosis hepática, se caracterizaron los factores que se unen al elemento FN-CRE en diferentes tipos celulares hepaticos. Los resultados mostraron que los factores ATF-2 y ATF-3 ocupan el elemento solo en hepatocitos, mientras que otros factores, como la proteina FRA-2 ocupan el elemento CRE tanto en hepatocitos como en celulas endoteliales sinusoidales (SEC). Experimentos de transfección transitoria de cultivos primarios de hepatocitos y SEC, permitieron definir elementos enhancer y silencer dentro del promotor asi como la region necesaria para conferir inducibilidad al factor de crecimiento TGF-β. Estos resultados proveen las primeras evidencias de una ocupacion y funcionamiento diferenciales del promotor FN específicos de tipo celular hepático.

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Identificación y análisis molecular de una cepa hipervirulenta de PVX, PVX MS y estudio de las modificaciones postraduccionales de la proteína de Capside de PVX

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Autores/as: Alejandro Carlos Tozzini ; Horacio Esteban Hopp

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 1997 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto
Hasta el momento sólo una cepa de PVX capaz de replicar en genotipos portadores de algunos de los genes de resistencia extrema Rx ha sido descripta, esta el la cepa HB. En el presente trabajo describimos la identificación de una nueva cepa con características de hipervirulencia aislada en Argentina; esta cepa, PVX MS, es capaz de replicar en genotipos Rxacl. La detección inmunológica con anticuerpos monoclonales mostró que la cepa MS pertenece al serotipo PVX° (común o europeo) mientras que la cepa HB corresponde al serotipo PVXᴬ(andino). El análisis comparativo por western blotting de las proteínas de cápside (CP) de diferentes cepas mostró que PVX MS se distingue por su movilidad electroforética, lo cual fue confirmado por secuenciación nucleotídica. Debido a que la CP está involucrada en varios aspectos de la interacción virus-planta, incluída la virulencia, se estudió el gen de la CP de la cepa MS. Este gen no contiene los mismos determinantes de virulencia presentes en PVX HB. Estos resultados sugieren que otras regiones virales están también involucradas en la virulencia. El análisis del genoma completo de PVX MS, respecto de otras cepas, mostró que éste presenta tres regiones exclusivas localizadas en los ORFs 1, 2 y 3, candidatas a ser responsables de la hipervirulencia de PVX MS. Por otro lado, el estudio de la CP condujo a descubrir que esta proteína es una glicoproteína. El gen de la CP de todas las cepas de PVX codifica para una proteína de 25 kDa. El análisis de las CPs por SDS-PAGE muestra un peso molecular aparente de 27 a 30 kDa, dependiendo de la cepa, pero la identidad amino acídica entre algunas cepas es muy alta como para explicar las diferencias de movilidad entre ellas. La CP de seis cepas fueron analizadas mediante oxidación con periodato, tratamiento con ácido trifluometano-sulfónico, digestión con glicosidasas, reconocimiento por lectinas, tratamiento alcalino suave (β-eliminación) y por espetroscopía de masa de las regiones amíno y carboxi terminales, indicando la presencia de O-glicosilaciones en ambos extremos. Sin embargo, estas modificaciones post-traduccionales no parecen determinar diferencias de virulencia entre cepas de PVX.

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Identificación y caracterización bacteriológica y molecular de cepas de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis en productos lácteos y agua

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Autores/as: Karina Mariela Cirone ; Fernando (Director) Paolicchi ; María Cristina (Codirector) Jorge

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2015 INTA Digital (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ciencia animal e industria ganadera  

Tesis de doctorado para obtener el grado de Doctor en Ciencia Animal presentada en la Facultad de Ciencias Veterinarias, Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, 2015

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Identificación y caracterización de aislamientos de Pythium y Phytophthora de cultivos intensivos en la provincia de Corrientes

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Autores/as: Julia Magalí Ibañez ; Verónica Gabriela Obregón ; Roxana Maumary ; Isabel Bertolaccini ; Mariel Mitidieri ; María Alejandra Favaro

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá

Cobertura temática: Agricultura, silvicultura y pesca  

Se estima que Argentina posee 6.517 has bajo cubierta, de las cuales 1.700 has se concentran en la provincia de Corrientes. Las condiciones ambientales que se desarrollan bajo estos sistemas de producción, favorecen la incidencia de numerosas especies de Oomycetes ocasionando pérdidas importantes. El objetivo de esta Tesis de Maestría fue actualizar el estado de conocimiento de los géneros Pythium y Phytophthora como fitopatógenos de cultivos intensivos en Corrientes, a través de la caracterización morfológica y molecular de una colección de aislamientos y de la identificación de las relaciones patógeno-hospedantes mediante pruebas de patogenicidad. La caracterización morfológica se basó en: aspecto, color y velocidad de crecimiento de las colonias; forma y tamaño de las diferentes estructuras de reproducción sexual y asexual. La caracterización molecular se realizó a través de la amplificación de un segmento de la región ITS rDNA y del gen cox2. Fueron caracterizados 31 aislamientos, los cuales correspondieron a 4 especies de Pythium: P. aphanidermatum, P. myriotylum, P. irregulare y P. spinosum; 3 especies de Phytophthora: P. capsici, P. nicotianae y P. cactorum; 3 especies de Phytopythium: P. helicoides, P. vexans y P. mercuriale. Se identificaron 18 relaciones patógeno-hospedante diferentes, de las cuales 8 no habían sido citadas en el país hasta la fecha (P. irregulare-Gerbera jamesonii; P. irregulare-Citrullus lanatus; P. irrgulare-Fragaria x ananassa; P. irregulare-Eustoma sp.; P. myriotylum-Petroselinum crispum; Phytopythium helicoides-Chrysanthemum sp.; Phytopythium vexans-Fragaria x ananassa y Phytopythium mercuriale-Fragaria x ananassa). Es el primer registro de Phytopythium mercuriale en el país y en frutilla.

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Identificación y caracterización de aislamientos de Pythium y Phytophthora de cultivos intensivos en la provincia de Corrientes

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Autores/as: Julia Magalí Ibañez ; Verónica Gabriela Obregón ; Roxana Maumary ; Isabel Bertolaccini ; Mariel Mitidieri ; María Alejandra Favaro

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá

Cobertura temática: Agricultura, silvicultura y pesca  

Se estima que Argentina posee 6.517 has bajo cubierta, de las cuales 1.700 has se concentran en la provincia de Corrientes. Las condiciones ambientales que se desarrollan bajo estos sistemas de producción, favorecen la incidencia de numerosas especies de Oomycetes ocasionando pérdidas importantes. El objetivo de esta Tesis de Maestría fue actualizar el estado de conocimiento de los géneros Pythium y Phytophthora como fitopatógenos de cultivos intensivos en Corrientes, a través de la caracterización morfológica y molecular de una colección de aislamientos y de la identificación de las relaciones patógeno-hospedantes mediante pruebas de patogenicidad. La caracterización morfológica se basó en: aspecto, color y velocidad de crecimiento de las colonias; forma y tamaño de las diferentes estructuras de reproducción sexual y asexual. La caracterización molecular se realizó a través de la amplificación de un segmento de la región ITS rDNA y del gen cox2. Fueron caracterizados 31 aislamientos, los cuales correspondieron a 4 especies de Pythium: P. aphanidermatum, P. myriotylum, P. irregulare y P. spinosum; 3 especies de Phytophthora: P. capsici, P. nicotianae y P. cactorum; 3 especies de Phytopythium: P. helicoides, P. vexans y P. mercuriale. Se identificaron 18 relaciones patógeno-hospedante diferentes, de las cuales 8 no habían sido citadas en el país hasta la fecha (P. irregulare-Gerbera jamesonii; P. irregulare-Citrullus lanatus; P. irrgulare-Fragaria x ananassa; P. irregulare-Eustoma sp.; P. myriotylum-Petroselinum crispum; Phytopythium helicoides-Chrysanthemum sp.; Phytopythium vexans-Fragaria x ananassa y Phytopythium mercuriale-Fragaria x ananassa). Es el primer registro de Phytopythium mercuriale en el país y en frutilla.

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Identificación y caracterización de antígenos de Babesia bigemina

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Autores/as: Romina Sandra Petrigh ; Marisa Diana Farber

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2010 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Biotecnología médica  

Los protozoarios intraeritrocitarios Babesia bovis y Babesia bigemina son los agentes causales de la babesiosis bovina, una enfermedad transmitida por la garrapata Rhipicephalus microplus que provoca importantes pérdidas económicas a la ganadería en áreas enzoóticas. En tal sentido resulta de gran relevancia la identificación de genes y la caracterización de proteínas para el desarrollo de pruebas diagnósticas de elevada sensibilidad y especificidad y el diseño racional de vacunas. En este trabajo, hemos desarrollado un método de detección molecular de B. bigemina, basado en la amplificación del gen rap-1a, útil para el estudio epidemiológico de la babesiosis bovina en áreas enzoóticas. La PCR en un solo paso, resultó altamente específica detectando 0,00002% de parasitemia. Por otra parte, para la identificación de nuevos antígenos de B. bigemina, se aplicaron dos estrategias: proteómica y herramientas de genómica comparativa. A través de la aproximación proteómica logramos extraer y separar en geles de dos dimensiones las proteínas solubles del estadio de merozoíto de B. bigemina que fueron reconocidas por sueros de bovinos infectados. A partir de las secuencias disponibles del proyecto genoma de B. bigemina y en base a la información proveniente de los genomas anotados de otros apicomplejos, pudimos identificar, anotar y caracterizar una familia de ocho genes que codifican para proteínas del tipo perforina (PLP) con el dominio de ataque a membrana MACPF en B. bigemina. Además se demostró que si bien todos los genes plp se transcriben en el estadio intraeritrocitario, particularmente los genes plpb y plpe presentan una tasa transcripcional significativamente mas alta indicando su importancia en este estadio. Asimismo, el reconocimiento de la proteína PLPA por los sueros bovinos infectados puede ser considerado como un indicio de la participación de esta proteína en la salida del parásito del eritrocito. Este trabajo de tesis contribuye al estudio de la babesiosis bovina a través del desarrollo de herramientas de diagnóstico y de la identificación de genes implicados en los mecanismos moleculares que median la interacción parásito-hospedador.

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Identificación y caracterización de antígenos de Mycobacterium bovis

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Autores/as: Fabiana Bigi ; Angel Adrián Cataldi

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 1998 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto
Fil:Bigi, Fabiana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.

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Identificación y caracterización de enzimas involucradas en la regulación de los niveles de AMPc en Trypanosoma cruzi

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Autores/as: Maximiliano A. D’Angelo ; Mirtha M. Flawiá

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2003 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ingeniería de los materiales  

En este trabajo se caracterizó la adenilil ciclasa TczAC. Se determinó que el gen que codifica para esta enzima se encuentra altamente conservado con los genes de adenilil ciclasas identificados en otros tripanosomátidos, es parte de una familia multigénica y se expresa en todos los estadios del ciclo de vida de T. cruzi. Se determinó que el producto de este gen es una enzima funcional capaz de complementar una cepa de levaduras carente de actividad adenilil ciclasa. Esta enzima es específica para AMPc, presenta una mayor actividad en presencia de Mn+2 que de Mg+2 y es inhibida por Zn+2 y el inhibidor del sitio P, 2'-deoxy-3'AMP. Por otro lado, el Ca+2 estimula la actividad de la misma manera independiente de calmodulina. Utilizando la técnica de doble híbrido en levaduras se demostró que TczAC dimeriza a través de su dominio catalítico y se identificaron 13 clones capaces de interaccionar específicamente con la misma. En particular se analizó la interacción de TczAC con el clon correspondiente a la proteína de flagelo paraflagellar rod. Asimismo, TczAC fire expresada en una cepa mutante de levaduras S. pombe. Los resultados obtenidos con estos experimentos sugieren que este sistema de expresión podría ser de gran utilidad para la búsqueda de inhibidores específicos. Por otra parte, se identificó y caracterizó el gen TczPDE que codifica para la primer fosfodiesterasa de AMPc de T. cruzi. Se determinó que este gen es parte de una familia multigénica y codifica para una proteína que presenta un posible péptido señal, dos dominios GAF de unión a GMPc y un dominio catalítico altamente conservado. La funcionalidad de esta proteína se confirmó por ensayos de complementación en levaduras carentes de actividad fosfodiesterasa. En dichas levaduras TczPDE se encontró asociada a la fracción particulada, mostró una alta afinidad por el AMPc y no fue capaz de hidrolizar GMPc. Por ensayos de Western blot se confirmó la asociación de TczPDE a la membrana de las levaduras y se observó que esta se encuentra fuertemente asociada a la misma. La localización subcelular de TczPDE en T. cruzi se estudió por fraccionamiento subcelular e inmunolocalización. Estos experimentos demostraron que TczPDE se encuentra localizada en la membrana plasmática del parásito y concentrada en el flagelo.

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Identificación y caracterización de eventos de splicing alternativo en Arabidopsis thaliana utilizando herramientas de transcriptómica de alto rendimiento

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Autores/as: Estefanía Mancini ; Marcelo Yanovsky

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2016 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ciencias de la computación e información - Ciencias biológicas  

El mecanismo de splicing alternativo es un mecanismo de regulación post-transcipcional presente en los organismos eucariotas que amplía las capacidades regulatorias y funcionales de los genes mediante la generación de múltiples isoformas. Las consecuencias de este proceso son proteínas funcional y estructuralmente diferentes como así también productos no traducibles con funciones regulatorias en sí mismos. El advenimiento de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva, incluyendo las que se utilizan para ARN (RNA-Seq) permiten estudiar cambios transcripcionales incluyendo splicing alternativo de una manera inusitada. Sin embargo, la descripción de los cambios en los patrones de splicing bajo diferentes condiciones no es trivial y ha dado lugar durante los últimos años al desarrollo de múltiples herramientas bioinformáticas. En este trabajo de tesis, se describe ASpli, un paquete de R integrativo y fácil de usar que facilita el análisis de los cambios en el splicing alternativo tanto en eventos anotados como nuevos a partir de datos de RNA-Seq. Nuestra propuesta es combinar la información estadística del uso diferencial de exones, intrones y junturas junto con las métricas de inclusión (PSI) y retención de intrón (PIR) que se obtienen por el análisis de las junturas sobre cada región genómica en estudio. La utilización de este abordaje integral intenta cuantificar de manera más exacta la ocurrencia de eventos de splicing alternativo. El desarrollo del paquete fue fundamental para el análisis de la remodelación del transcriptoma ante numerosos tratamientos en la planta modelo Arabidopsis thaliana así como en otros organismos. Como parte de los resultados, se describen los análisis del efecto de un pulso de luz en plantas y sus consecuencias globales en la regulación del splicing alternativo.