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Decodificando la diversidad catalítica de los citocromos p450 bacterianos mediante métodos bioinformáticos

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Autores/as: Victoria Gisel Dumas ; Marcelo Adrián Martí

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2016 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ciencias de la computación e información - Ciencias biológicas  

Los citocromos p450 bacterianos (CYPs) son una familia de enzimas que poseen una enorme diversidad funcional y una amplia capacidad para llevar a cabo diferentes reacciones de oxidación sobre sus sustratos, que van desde pequeñas moléculas aromáticas como el alcanfor, pasando por algunas más grandes como el colesterol o la vitamina D, hasta moléculas enomes como los antibióticos macrólidos. Lo cierto es que estas enzimas contribuyen de manera significativa a la generación de una gran variedad de productos naturales, muchos de ellos con un enorme potencial biotecnológico. Es por ello que determinar el rol de los CYPs en la producción de estos metabolitos es esencial para comprender su biosíntesis y posible rol fisiológico. Considerando que los CYPs desarrollan funciones sumamente importantes para la vida de los microorganismos, comprender su función constituye un objetivo de alta relevancia biológica. De la vasta cantidad de reacciones que son capaces de catalizar estas enzimas, algunas han sido ya extensamente estudiadas, pero muchas otras permanecen aún completamente desconocidas. Por esta razón, en la presente tesis, se procedió en primer término al estudio del mecanismo de reacción de un CYP esencial para la viabilidad de Mycobacterium tuberculosis, -denominado CYP121- cuya reacción es poco común en esta familia de enzimas. Mediante la aplicación de diversas técnicas de simulación computacional se consiguió arribar a una propuesta mecanística detallada de su funcionamiento con una mirada fisicoquímica. A continuación, se procedió a realizar un estudio general de los determinantes estructurales que dan lugar a la diversidad funcional en los CYPs, con el objeto de poder predecir in-silico el rango de sustratos y reacciones catalizadas por estas enzimas. Conseguir hacer tales predicciones es un objetivo clave, dado que el reciente crecimiento exponencial en la secuenciación de diferentes microorganismos ha resultado en la anotación de miles de secuencias a este grupo de proteínas, las cuales en su mayoría carecen de información funcional. Este estudio derivó en el desarrollo de un pipeline bioinformático que tomando como punto de partida la secuencia de un dado CYP y analizando una serie de propiedades, permite predecir la reacción que éste cataliza. En su conjunto, la presente tesis presenta un estudio detallado del mecanismo de reacción del CYP121 de Mycobacterium tuberculosis, el cual dada la esencialidad de esta enzima, podría resultar importante para el desarrollo de drogas para el tratamiento de la tuberculosis; junto con una caracterización de la diversidad funcional de la familia de los citocromos p450s bacterianos y una herramienta que permite predecir la función de un determinado CYP partiendo solamente de su estructura primaria.
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Decoherencia en el transporte cuántico: descripciones dinámicas y procesos dependientes de espín

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Autores/as: Lucas Jonatan Fernández Alcazar ; Horacio Miguel Pastawski

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2016 Repositorio Digital Universitario (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ingeniería mecánica  

Tesis (Doctor en Física)--Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Matemática, Astronomía, Física y Computación, 2016.
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Decoherencia en sistemas cuánticos caóticos

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Autores/as: Diana Beatriz Monteoliva ; Juan Pablo Paz

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No requiere 2003 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ciencias físicas  

El proceso de decoherencia para un sistema cuántico abierto con análogo clasico caótico (un pozo doble perturbado armónicamente acoplado a un baño de infinitos osciladores arnninicos) es estudiado. Se analiza el comportamiento de la tasa de producción de entropía mostrando que posee dos regímenes relevantes: Para tiempos cortos ésta es proporcional a la intensidad del acoplamiento sistema-entorno. Posteriormente, pero antes del equilibrio, entra en un régimen donde es fijada por el exponente de Lyapunov del sistema. Este segundo régimen es encontrado siempre que el coeficiente de difusión supere cierto valor umbral. El tiempo de transición entre ambos regímenes muestra una dependencia lineal con la entopía del estado inicial y logaritmica con el coeficiente de difusión. Además, el desarrollo de estructuras en la función de Wigner es investigado, observando que para sistemas caóticos éstas saturan rápido, en un tiempo que concuerda con el tiempo de Ehrenfest. Comprobamos que, contrariamente a conjeturas previas, cuando el sistema es inacroscópico la saturación se produce a escalas que son típicamente sub-Planckianas. Estas escalas determinan la sensibilidad de un sistema cuántico a las perturbaciones. Mostramos que para sistemas cuánticos caóticos la tasa de decaimiento de la Fidelidad medida de la sensibilidad de un sistema cuántico a las perturbaciones, esta determinada por sus exponentes de Lyapunov. Esta escala temporal establece el tiempo de decoherencia de un sistema acoplado a un entorno caótico.
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Decoherencia en sistemas de espines interactuantes en RMN

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Autores/as: Gonzalo Agustín Alvarez ; Patricia Rebeca Levstein

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No requiere 2007 Repositorio Digital Universitario (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Medicina clínica  

Tesis (Doctorado en Física)--Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Matemática, Astronomía y Física, 2007.
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Decoherencia y simulaciones cuánticas: ambientes con dinámica propia

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Autores/as: M. Cecilia Cormick ; Juan Pablo Paz

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No requiere 2009 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto
Esta tesis analiza la pérdida de coherencia de un sistema cuántico acoplado a un ambiente con dinámica propia, enfocando el estudio en los efectos relacionados con la presencia o ausencia de correlaciones espaciales y temporales en el ambiente. En una primera parte se considera un modelo de decoherencia por cadenas de espines, prestando especial atención a las consecuencias de una transición de fase del entorno. En la segunda parte se proponen experiencias de decoherencia controlada utilizando iones atrapados. En ambas partes, los modelos examinados permiten explorar los efectos de la localidad del acoplamiento entre sistema y entorno, y la evolución del entrelazamiento entre subsistemas en relación con las características del ambiente.
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Decoherencia y transiciones de fase en la dinámica cuántica en sistemas de espines

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Autores/as: Denise Bendersky ; Horacio Miguel Pastawski

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No requiere 2016 Repositorio Digital Universitario (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ingeniería mecánica  

Tesis (Doctor en Física)--Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Matemática, Astronomía, Física y Computación, 2016.
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Decreto 814/01: análisis integral impositivo y previsional

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Autores/as: Norberto Germán Lovero ; Marcelo Del Moro ; Erica Raquel Tomassoni ; Harry Lionel Schurig ; Carlos Straub

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No requiere 2017 SEDICI: Repositorio Institucional de la UNLP (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Economía y negocios  

Análisis del Decreto 814/01, sus implicancias en el plano impositivo, laboral y previsional; explicando su alcance para las PYMES, las ventajas que propone y metodología de aplicación práctica, así como las opciones en cuanto a su aplicación retroactiva en los casos en que no se haya hecho uso de los beneficios que dispone, con el consiguiente análisis de la prescripción.
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Decreto ley 33302/45: ley 12921

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Autores/as: Domingo Cocco

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No requiere 1953 Biblioteca Digital (FCE-UBA) (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Derecho  

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Deep Landmarking: Reconocimiento automático de estructuras anatómicas por medio de morfometría geométrica

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Autores/as: Celia Cintas ; Claudio Augusto Delrieux

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No requiere 2017 CONICET Digital (SNRD) acceso abierto

Cobertura temática: Ciencias de la computación e información  

La adquisición de información fenotípica es un aspecto clave en diversos contextos, incluyendo análisis biométricos, estudios bioantropológicos, investigaciones biomédicas, y ciencia forense por citar algunos.Para ello se requiere la identificación automática de estructuras anatómicas de interés biométrico, como por ejemplo huellas dactilares, patrones en el iris, o rasgos faciales.Estas estructuras son utilizadas masivamente, pero poseen la desventaja de requerir intrusión para adquirir la información a ser analizada.En esta tesis presentamos un nuevo método, basado en la Morfometría Geométrica, para la detección y extacción automática de datos anatómicos característicos (features) en la forma de hitos (landmarks) en 2D o 3D.Para ello se entrenó una red neuronal con conjuntos de datos obtenidos en forma supervisada por medio de expertos antropólogos y biólogos. El sistema resultante posee la capacidad de realizar landmarking en forma automática en imágenes y video sin preparación previa, obteniéndose parámetros de calidad equivalente o superiores a los adquiridos por expertos humanos.Estos resultados abren la posibilidad de generar en forma automática y confiable vectores de atributos basados en propiedades fenotípicas.Se exploran algunas aplicaciones en diversos contextos incluyendo biometría, videojuegos, interfases naturales y otras aplicaciones.
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Defectos constitucionales y energía de migración de aluminio en UAI4

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Autores/as: Laura Kniznik ; Gerardo H. Rubiolo

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No requiere 2016 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto
El compuesto UAl4 es de interés en la tecnología de los elementos combustibles para reactores nucleares de investigación, ya que estos tienen un diseño donde partículas de un compuesto intermetálico conteniendo uranio se dispersan en un polvo de aluminio. Durante su fabricación y uso, el UAl4 y otros aluminuros crecen por interdifusión entre la aleación de uranio y el aluminio. Esta Tesis aporta conocimiento sobre la formación de los defectos puntuales y la energía de migración de Al en UAl4 a partir de métodos basados en la teoría de la funcional densidad electrónica (DFT), y muestra cómo estos resultados pueden transferirse a modelos semi-empíricos tipo CALPHAD para la simulación del proceso de crecimiento por difusión. En la primera parte de esta Tesis modelamos el crecimiento de UAl4 en un par de difusión UAl3/Al y construimos bases de datos semi-empíricas. Estimamos el coeficiente de heterodifusión a dilución infinita de Al en UAl4. En la segunda parte, realizamos cálculos DFT según el código VASP de las estabilidades del sistema binario U-Al y un análisis estructural, electrónico y magnético del cristal perfecto de UAl4. Investigamos la formación de defectos puntuales en el compuesto y estimamos las entalpías de formación de monovacancias y antisitios. Mediante un modelo estadístico-termodinámico obtuvimos concentraciones de defectos en función de la temperatura y la desviación de la estequiometría. Encontramos los defectos constitucionales y térmicos a ambos lados de la estequiometría, así como los defectos térmicos para UAl4 estequiométrico. Además, estudiamos la relajación estructural local, el ordenamiento magnético y la redistribución electrónica inducidos por el defecto. Luego, modificamos la base de datos para el modelado CALPHAD con las entalpías obtenidas y re-calculamos el diagrama de equilibrio del sistema U-Al. Finalmente, identificamos los mecanismos más probables de migración de Al en UAl4 y calculamos su energía de migración mediante el método NEB implementado en VASP. Proponemos que la difusión de Al en UAl4 ocurre por el mecanismo a primeros vecinos de átomos Al1 con una energía de activación de 1.90 eV que compara relativamente bien con el valor 2.06 eV observado experimentalmente o con el valor 2.17 eV obtenido en esta Tesis utilizando el modelo semi-empírico.