Eucalyptus globulus es la especie forestal con mejor aptitud papelera y para la obtención de bioenergía a partir de celulosa, mayormente plantada en regiones templadas del mundo. Los proyectos genómicos en Eucalyptus han incrementado el número de secuencias disponibles en los bancos de datos públicos. Los marcadores funcionales públicos, si bien son frecuentes en diferentes cultivos, son aún escasos en especies forestales. De allí la importancia de la búsqueda y validación de regiones SSRs en genes de interés, para ser utilizados en futuros proyectos de mejoramiento asistido por marcadores (marker assisted breeding). En este estudio, se identificaron secuencias no redundantes de ADN de Eucalyptus (genómicas y ESTs) depositadas en bancos de datos públicos para revelar secuencias microsatélites y predecir, in silico, su función putativa. Éstas fueron luego validadas en laboratorio para predecir su potencial uso en análisis de diversidad genética. A partir de 12.690 ESTs de Eucalyptus globulus publicados en NCBI se identificaron 4.924 secuencias no redundantes. De éstas, 952 unigenes (19,3%) contenían 1.140 regiones SSR. Luego del análisis bioinformático de estos EST-SSRs, se diseñaron 979 oligonucleótidos novedosos y se predijo su función putativa, incluyendo categorías Gene Ontology (GO) según su proceso biológico, función molecular y componente celular. Se identificaron así 29 SSRs en 24 genes candidatos (estructurales y reguladores) para calidad de madera. Los SSRs se encontraron en promotores, intrones y exones de genes candidatos (GC) de distintas rutas metabólicas (biosíntesis del fenilpropanoico, biosíntesis de celulosa, metabolismo de hemicelulosas, ruta metabólica del shikimato, metabolismo de la metionina y genes de tubulinas y el factor de transcripción LIM1). Un total de 85 SSRs (56 EST-SSRs y 29 SSRs incluídos en GC) hallados en este trabajo fueron analizados para su validación en 8 genotipos de E. globulus, resultando positivos un 65%. A partir de esta validación se obtuvieron 17 EST-SSRs y 12 GC-SSRs polimórficos. Con éstos se estimaron los valores de diversidad en una muestra de 60 individuos no emparentados de E. globulus representantes de seis razas que cubren el rango de distribución natural de la especie. Los valores de PIC, Ho y UHe variaron ampliamente entre aproximadamente 0,02 y 0,9, mientras que el número de alelos varió entre 2 y 16, con un promedio de 7,55. Al realizar el test de Equilibrio de Hardy Weinberg (EHW) para los 29 loci, se encontró que 14 de ellos mostraron un significante déficit de heterocigotas (P<0,01). Este desvío del EHW podría explicarse por la presencia de subestructura poblacional y a la presencia de alelos nulos que sesgó las estimaciones de las frecuencias alélicas. Se realizó el estudio de transferibilidad de 49 loci (37 EST-SSRs validados (polimórficos y monomórficos) y los 12 GC-SSRs polimórficos) a otras seis especies de Eucalyptus (E. camaldulensis, E. dunnii, E. grandis, E. saligna, E. tereticornis y E. viminalis). Se encontró que 33 marcadores amplificaron en las seis especies estudiadas y seis en al menos cinco, mostrando la alta transferiblidad de los mismos. Finalmente, el estudio del polimorfismo y transferibilidad de los marcadores funcionales, permitió la selección de un conjunto de 13 (7 EST-SSRs y 6 GC-SSRs) altamente informativos y transferibles a otras seis especies de Eucalyptus. El conjunto de marcadores desarrollados son altamente informativos tendrán un uso potencial en estudios de diversidad genética, taxonomía, mapeo de QTL y en facilitar, en un futuro, la selección asistida en el mejoramiento de Eucalyptus.